Narrada desde la tierna mirada de un niño de diez años, "Jojo Rabbit" es una sátira anti-odio acerca de los últimos días de la Alemania nazi. Jojo Betzler (Roman Griffin Davis) es un pequeño fanático de su nación y de la figura de Adolf Hitler (Taika Waititi); de hecho, el dictador se presenta ante Jojo como un amigo imaginario. Jojo y su segundo mejor amigo, Yorki (Archie Yates), se unen a Deutsches Jungvolk, la sección infantil de las Juventudes Nazi, en donde están bajo el cuidado del Captain Klenzendorf (Sam Rockwell), Freddy Finkel (Alfie Allen) y de Fräulein Rahm (Rebel Wilson). 

Cuando Jojo decide que no quiere atacar a un pequeño conejo, sus compañeros lo molestan y lo apodan "Jojo Rabbit"; es su amigo imaginario Hitler quien le da ánimo para seguir adelante, pero un explosivo destruye el rostro de Jojo y debe volver a su hogar. Una vez que se dedica a pasar las tardes en casa, el pequeño se da cuenta de que su madre, Rosie (Scarlett Johansson), esconde a Elsa (Thomasin McKenzie), una adolescente judía, dentro de su hogar.